L'instruction du ministère de l’environnement, en date du 3 juin 2015, a demandé aux services de l’État d’établir une cartographie des cours d’eau afin de lever des incertitudes sur leur localisation. Les DDT(M) et la police de l’eau (absorbée par l’AFB avec le reste de l’ONEMA) pilotent l’élaboration de cette cartographie dans chaque département et consultent pour ce faire syndicats de rivières, associations environnementales, agriculteurs etc. La cartographie doit être finalisée par un arrêté préfectoral.
Selon les départements, la cartographie finale est plus ou moins correcte. Dans les départements où la FDSEA est influente, la cartographie a eu pour résultat la « disparition » de nombreux petits cours d’eau souvent intermittents. Les agriculteurs peuvent donc puiser de l’eau dans ces cours d’eau « disparus » pour irriguer sans autorisation de prélèvement et pour remplir des bassines sans étude d’impact environnemental. La cartographie étant non opposable, il n’y a aucun recours possible contre ses pratiques qui ont été dénoncées par plusieurs associations environnementales.
A cela s’ajoute le lancement des projets de territoire par les ministres de l’agriculture et de l’environnement. La plupart de ces projets de territoire sont des projets d’irrigation agricole non soutenable.
L’impact de la cartographie des points d’eau permanents ou intermittents sur l’usage des pesticides est moins connu ; les points d’eau étant les cours d’eau mais aussi les étangs, lacs, fossés et mares.